Diferencia entre RNA Seq y Microarray

los diferencia principal entre RNA Seq y microarray es que el La secuencia de ARN (secuenciación de ARN) permite analizar nuevas variantes de ARN y ARN, mientras que la micromatriz permite analizar el transcriptoma con el uso de sondas de ARN conocidas. Además, RNA Seq es una técnica basada en secuenciación, mientras que la micromatriz se basa en la hibridación.

RNA Seq y microarray son dos técnicas utilizadas para analizar la transcriptoma, que es el ARNm total expresado de un organismo. Permiten determinar los tipos de moléculas de ARN formadas en un estadio celular definido..

Áreas clave cubiertas

1. ¿Qué es RNA Seq?
     - Definición, Proceso, Significado
2. Que es el microarray
     - Definición, Proceso, Significado
3. ¿Cuáles son las similitudes entre RNA Seq y Microarray?
     - Esquema de características comunes
4. ¿Cuál es la diferencia entre RNA Seq y Microarray?
     - Comparación de diferencias clave

Términos clave

Análisis de expresión génica, hibridación, micromatriz, secuenciación de ARN, secuenciación

¿Qué es RNA Seq?

Seq ARN (Secuenciación de ARN) Es una técnica que determina la secuencia de moléculas de ARN en una muestra. La secuencia de ARN implica la secuenciación de alto rendimiento de escopeta de moléculas de ADNc. El ADNc se obtiene a partir de la transcripción inversa de las moléculas de ARN. La secuenciación de próxima generación implica la determinación de la secuencia de ADNc. RNA Seq permite la determinación de la secuencia de RNA y su abundancia relativa.

Figura 1: Proceso de secuencia de ARN

RNA Seq es una técnica altamente confiable con una amplia gama de sensibilidad. Por lo tanto, puede detectar secuencias de ARN raras y poco abundantes. La característica única de RNA Seq es su capacidad para identificar nuevas secuencias de RNA y las variantes de empalme..

Que es el microarray

La micromatriz es una técnica ampliamente utilizada para analizar la expresión génica de un organismo en particular. Utiliza sondas definidas que se hibridan con las moléculas de ARN en la muestra. Las sondas monocatenarias se unen a una superficie sólida conocida como un chip con el que se hibrida la muestra de ARN marcada con fluorescencia. Los datos de secuenciación del genoma se pueden utilizar para diseñar sondas.

Figura 2: Proceso de microarrays

Para un experimento rápido y fácil, la micromatriz es la mejor técnica en el análisis de la expresión génica. Pero, las sondas deben diseñarse de tal manera que también detecten variantes de empalme.

Similitudes entre RNA Seq y Microarray

• RNA Seq y microarray son dos técnicas utilizadas en el análisis de la expresión génica..
• Pueden detectar los tipos de moléculas de ARN presentes en una muestra en un momento definido..
• Dependen de la secuencia de ARN..
• Ambas técnicas pueden determinar la secuencia primaria y la abundancia relativa del ARN en una muestra.
• La reproducibilidad de ambas técnicas es alta..

Diferencia entre RNA Seq y Microarray

Definición

El RNA Seq se refiere a una técnica basada en secuenciación que detecta las secuencias de RNA en una muestra, mientras que el microarray se refiere a una técnica basada en hibridación utilizada para detectar la presencia de secuencias específicas de RNA dentro de una muestra.

Residencia en

RNA Seq es una técnica basada en secuenciación, mientras que microarray es una técnica basada en hibridación realizada con sondas existentes.

Identificando nuevas secuencias

La secuencia de ARN puede identificar nuevas secuencias de ARN presentes en una muestra, mientras que la micromatriz solo puede identificar secuencias conocidas.

Sensibilidad

La sensibilidad de RNA Seq es alta, mientras que la sensibilidad de la micromatriz es comparativamente baja.

Exactitud

La precisión de los datos de RNA Seq es alta, mientras que la precisión de los datos de microarrays es comparativamente baja.

Detección de SNP

RNA Seq puede identificar SNP, excepto los SNP de novo para los ARN de baja abundancia, mientras que la micromatriz no puede detectar los SNP..

Costo

El RNA Seq es costoso ($ 300- $ 1000 / muestra) debido al extenso análisis bioinformático requerido por el método, mientras que la micromatriz es menos costosa ($ 100-200 / muestra).

Conclusión

RNA Seq es una técnica basada en secuenciación que se utiliza para determinar las secuencias de RNA presentes en el transcriptoma, mientras que la micromatriz utiliza sondas específicas para detectar la presencia de secuencias particulares en el transcriptome. Microarray no puede detectar ninguna secuencia de ARN nueva, así como secuencias de ARN menos abundantes. Pero, en RNA Seq, se pueden identificar todas las secuencias de RNA dentro de la muestra. Por lo tanto, la principal diferencia entre RNA Seq y microarray es el tipo de detección.

Referencia:

1. Kukurba, Kimberly R. y Stephen B. Montgomery. “Secuenciación y análisis de ARN”. Protocolos de Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3 de julio de 2018, disponible aquí
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. “Microarray y sus aplicaciones”. Revista de Farmacia y Ciencias Bioallied 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3 de julio de 2018, disponible aquí

Imagen de cortesía:

1. "Resumen de RNA-Seq" por Thomas Shafee - Trabajo propio (CC BY 4.0) a través de Commons Wikimedia
2. “Resumen de la micromatriz de ARN” por Thomas Shafee - Trabajo propio (CC BY 4.0) a través de Commons Wikimedia