Diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación

Diferencia clave - PCR Primers vs Secuenciación Imprimaciones
 

Con los desarrollos recientes en el campo de la biología molecular, se desarrollaron diferentes técnicas genéticas que hicieron que los procesos de investigación de diferentes vías del tema fueran fáciles y precisos. La PCR y otros procedimientos de secuenciación son dos técnicas importantes de este tipo. Utilizan diferentes subcomponentes. Los cebadores se consideran como el principal subcomponente común a las técnicas de PCR y secuenciación. Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular, mientras que sLos cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su orden específico de la secuencia de nucleótidos.. Este es el diferencia clave entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.

CONTENIDO

1. Resumen y diferencia clave
2. ¿Qué son los cebadores de PCR?
3. ¿Qué son los cebadores de secuenciación?
4. Similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación
5. Comparación lado a lado: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación en forma tabular
6. Resumen

¿Qué son los cebadores de PCR??

La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica genética que se utiliza en el campo de la biología molecular para amplificar una sola o pocas copias de un segmento de ADN en particular y obtener muchos millones de copias idénticas. En una reacción de PCR, se utilizan diferentes componentes, incluidos los cebadores. Los cebadores son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótido de 18-25, lo que las hace compatibles con el inicio y la región final de los fragmentos de ADN que se amplificarán. Los cebadores pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. Estos cebadores se unen al fragmento de ADN en los puntos específicos donde hace que la ADN polimerasa se una al cebador específico en la ubicación e inicie la síntesis de la nueva cadena de ADN..

La selección de cebadores es un aspecto importante del proceso de PCR. La selección de la longitud del cebador es importante. La longitud ideal sería de 18-25 nucleótidos. Si la longitud es demasiado corta o demasiado larga, los cebadores no se unirán a la secuencia de ADN para amplificarse con precisión. Los cebadores que son demasiado cortos en longitud conducen a un recocido del cebador no específico en diferentes ubicaciones de la secuencia de ADN.

Figura 01: Cebadores de PCR

El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido del cebador y la temperatura de fusión son factores vitales durante la PCR. La temperatura de fusión debe calcularse con precisión y la temperatura de recocido del cebador debe ser 5 ⁰C menos que la temperatura de fusión. La temperatura de fusión debe ser de 60 ° C y 75 ° C. Las temperaturas demasiado altas o demasiado bajas darán como resultado una actividad de la polimerasa del ADN menos activa.

¿Qué son los cebadores de secuenciación??

Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Para obtener buenos resultados de secuenciación, los cebadores y las plantillas de alta calidad son importantes. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser únicos para una región particular donde deseamos secuenciar. También debe ser con una orientación correcta donde las secuencias generalmente se generan desde los extremos 3 'a 5' de los cebadores. La secuencia debe carecer de auto-hibridación no deseada, como la formación de bucles en forma de horquilla. No debe contener formación consecutiva de bases de guanina..

La temperatura de fusión (Tm) de la imprimación debe ser adecuada para las condiciones de la secuenciación. Por lo tanto, debe estar entre 52^oC y 74^oC. La preparación de oligonucleótidos para usar como cebador debe purificarse para obtener la longitud completa deseada de la secuencia. Si los oligonucleótidos contienen impurezas, la señalización de la secuencia del cebador se superpondrá de diferentes sitios de cebado, y también disminuirá el número de células base.

Figura 02: Primers de secuenciación

La temperatura de fusión del cebador (Tm) de un oligonucleótido determina cuán fuertes son las cadenas de ADN complementarias que se hibridan entre sí. La Tm puede considerarse como un cálculo termodinámico en el que depende tanto de las secuencias de ADN como de varias condiciones, como la concentración de sal. La Tm es importante durante la PCR, donde se utiliza una variante denominada secuenciación de ciclo para producir un grupo de fragmentos terminados en dideoxinucleótido. Aquí, el cebador que está secuenciado inicialmente se recocerá alternativamente, luego se extenderá y finalmente se desnaturalizará para la amplificación. Por lo tanto, el valor Tm debe estar entre 52^oC y 74^o C. Los oligonucleótidos sintetizados se pueden obtener de los laboratorios de síntesis de ADN / ARN según su elección. La pequeña escala de síntesis que se utiliza para la secuenciación del ADN es generalmente de 50 nmol. Además, lo más importante es que los cebadores utilizados para la secuenciación deben purificarse para que estén libres de impurezas que impidan la reducción de la calidad..

¿Cuáles son las similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación??

• Ambos cebadores de PCR y cebadores de secuencia son cebadores que se utilizan en el proceso de amplificación de una secuencia de ADN dirigida.
• Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación están compuestos de nucleótidos.
• Ambos cebadores de PCR y cebadores de secuenciación son oligómeros cortos.

¿Cuál es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación??

PCR Primers vs Secuenciación de Primers
Los cebadores de PCR son cadenas cortas de ADN con una secuencia de nucleótidos de 18 a 25 que los hace compatibles con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que deben amplificarse..	Los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos que se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica..
Función
Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular.	Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica..
Número de cebadores necesarios
Dos primers; Un cebador directo y un cebador inverso se utilizan como cebadores de PCR..	Necesita solo un cebador como cebador de secuenciación.

Resumen - PCR Primers vs Secuenciación Imprimaciones

Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Un cebador de secuenciación será suficiente para ejecutar el proceso. Para obtener buenos resultados de secuenciación, los primers y las plantillas de alta calidad son importantes. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser únicos para una región particular donde deseamos secuenciar. Los cebadores de PCR son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótido de 18-25 que es compatible con la región de inicio y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. Los cebadores de PCR pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido del cebador y la temperatura de fusión son aspectos vitales durante la PCR. Esta es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación..

Referencia:

1. "Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)". Khan Academy. Disponible aquí
2. “Diseño de cebadores y cebadores de secuenciación”. Diseño de cebadores y cebadores de secuenciación | University Core DNA Services | Universidad de calgary. Disponible aquí    

Imagen de cortesía:

1.'Primeros RevComp'By Zephyris - Trabajo propio, (CC BY-SA 3.0) vía Commons Wikimedia 
2. 'Métodos de etiquetado de ADN Sequencin 3' Por Abizar (cargador original) en Wikipedia en inglés - Transferido por Gustavocarra., (Dominio público) a través de Commons Wikimedia