Diferencia entre el exoma y la secuenciación de ARN

Diferencia clave - Exome vs secuenciación de ARN
 

La secuenciación de ácidos nucleicos es la técnica que determina el orden de los nucleótidos en un fragmento particular de ADN o ARN de un organismo. La secuenciación es importante para identificar la composición del ADN y el ARN de la célula y para distinguir ciertos genes que codifican proteínas funcionales; por lo tanto, la secuenciación se puede utilizar para comprender las mutaciones de estos genes y expresiones genéticas. El método de secuenciación de Sanger o los métodos de secuenciación de próxima generación más avanzados son los métodos de secuenciación que se utilizan comúnmente. La secuenciación del exoma es la secuenciación del conjunto completo de exones o regiones de ADN codificantes presentes en un organismo, mientras que la secuenciación del ARN es el procedimiento de secuenciación de los ácidos ribonucleicos (ARN). Esta es la diferencia clave entre el exoma y la secuenciación de ARN..

CONTENIDO

1. Resumen y diferencia clave
2. ¿Qué es la secuenciación del exoma?
3. ¿Qué es la secuenciación de ARN?
4. Similitudes entre el exoma y la secuenciación de ARN
5. Comparación lado a lado: secuenciación de ARN frente a exoma en forma tabular
6. Resumen

¿Qué es la secuenciación del exoma??

El exoma es un subconjunto del genoma que consiste en los genes de codificación de un organismo en particular. Los genes de codificación se denominan exones y se transcriben en ARNm y luego se traducen en secuencias de aminoácidos. Durante las modificaciones posteriores a la transcripción, el mecanismo de empalme de ARN en los eucariotas elimina los intrones (regiones no codificantes), y los exones permanecen. Hay dos técnicas principales en las que se realiza la secuenciación del exoma: basada en soluciones y basada en matrices.

En la secuenciación del exoma basada en soluciones, las muestras de ADN se fragmentan utilizando enzimas de restricción o métodos mecánicos y se desnaturalizan con calor. En esta técnica, se utilizan sondas de oligonucleótidos biotinilados (cebos) para hibridar selectivamente con regiones diana en el genoma. Se usan perlas de estreptavidina magnética para la etapa de unión. La unión es seguida por una etapa de lavado donde las secuencias no unidas y no dirigidas se eliminan por lavado. Los objetivos unidos se amplifican luego utilizando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y luego se secuencian utilizando la secuenciación de Sanger o las técnicas de secuenciación de la próxima generación..

Figura 01: Secuenciación del exoma

El método basado en matriz también es similar al método basado en solución, excepto que los fragmentos de ADN se capturan en una matriz micro, y luego siguen los pasos de unión y lavado antes de ser secuenciados..

La secuenciación del exoma se utiliza en muchas aplicaciones, como el diagnóstico genético de enfermedades, en la terapia génica, en la identificación de nuevos marcadores genéticos, en la agricultura para identificar diversos rasgos agronómicos beneficiosos y en los procedimientos de fitomejoramiento.

¿Qué es la secuenciación de ARN??

La secuenciación de ARN se basa en el transcriptoma, que es la transcripción completa de la célula. Los objetivos clave de la secuenciación de ARN son catalogar todas las especies de la transcripción, incluido el ARNm, el ARN no codificante y el ARN pequeño, para determinar la estructura transcripcional de los genes y cuantificar los niveles de expresión de cada transcripción durante el desarrollo. Durante la secuenciación del ARN, las tecnologías de hibridación (que eran ADN complementario derivado de secuencias de ARNm maduras) se utilizaron inicialmente para la secuenciación. En la actualidad, se utiliza una técnica de procesamiento más precisa y avanzada para la secuenciación de ARN..

Figura 02: Secuenciación de ARN

En la secuenciación de ARN, una muestra de ARN que puede ser ARN total o ARN fraccionado se convierte en su ADN complementario (ADNc) utilizando la transcripción inversa, y se prepara una biblioteca de ADNc. Cada fragmento de cDNA se une a los adaptadores en ambos lados (secuencia de extremo de par) o en un lado (secuencia de extremo único). Estas secuencias etiquetadas se secuencian utilizando la secuenciación de Sanger o la próxima generación, como la secuenciación del exoma.

¿Cuáles son las similitudes entre el exoma y la secuenciación de ARN??

• Se pueden usar fragmentos cortos seleccionados o todo el conjunto de ADN / ARN para la secuenciación del ARN o del exoma.
• Los fragmentos secuenciados se conservan en las bibliotecas..
• Se puede utilizar la secuenciación de Sanger o la secuenciación de la próxima generación..
• Ambos son métodos de secuenciación in vitro..
• Los fragmentos secuenciados pueden ser determinados por etiquetas fluorescentes.

¿Cuál es la diferencia entre el exoma y la secuenciación de ARN??

Exome vs RNA secuenciación
La secuenciación del exoma es la secuenciación del conjunto completo de exones o regiones de ADN codificantes presentes en un organismo.	La secuenciación de ARN se refiere al procedimiento de secuenciación de los ácidos ribonucleicos (ARN); el transcriptoma.
Muestra de inicio
El ADN genómico es la muestra inicial de la secuenciación del exoma..	ARN es la muestra inicial de secuenciación de ARN.
Composición
Este contiene solo las regiones codificantes del ADN total conocido como exones	Este contiene ARN-ARNm / transcriptoma.
Secuenciación
Hay dos métodos principales de secuenciación del exoma; Soluciones basadas en soluciones y basadas en matrices..	La secuenciación del ARN se realiza a través de la preparación de una biblioteca de ADNc mediante la extracción del ARN total o ARN fragmentado.

Resumen - Exome vs secuenciación de ARN

El exoma es el conjunto completo de regiones codificantes de un organismo y las técnicas involucradas en la determinación del orden exacto de nucleótidos del exoma se conocen como secuenciación del exoma. La secuenciación de ARN es la técnica involucrada en la determinación del orden de nucleótidos del ARN de un organismo. Esta es la diferencia entre exoma y secuenciación de ARN..

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Referencias:

1.Wang, Zhong, et al. "RNA-Seq: una herramienta revolucionaria para la transcriptómica". Revisiones de la naturaleza. Genética, Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos, enero de 2009, Disponible aquí. Consultado el 3 de septiembre de 2017.
2.Warr, Amanda, et al. “Secuenciación del exoma: perspectivas actuales y futuras”. G3: Genes | Genomas | Genética, Genetics Society of America, agosto de 2015, Disponible aquí. Consultado el 3 de septiembre de 2017.

Imagen de cortesía:

1. "Flujo de trabajo de secuenciación del exoma 1a"Por Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith -  (CC POR 2.5) vía Commons Wikimedia
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” Por SarahKusala - Trabajo propio (CC BY 3.0) vía Commons Wikimedia