Diferencia entre BLAST y FASTA

Diferencia Principal - BLAST vs FASTA

BLAST y FASTA son dos programas de búsqueda de similitud que identifican secuencias de ADN y proteínas homólogas basadas en el exceso de similitud de secuencia. El exceso de similitud entre dos secuencias de ADN o de aminoácidos se debe a la homología común de ascendencia. La búsqueda de similitud más efectiva es la comparación de secuencias de aminoácidos de proteínas en lugar de secuencias de ADN. Tanto BLAST como FASTA utilizan una estrategia de puntuación para comparar dos secuencias y proporcionar estimaciones estadísticas altamente precisas sobre las similitudes entre las secuencias. los diferencia principal entre BLAST y FASTA es que BLAST participa principalmente en la búsqueda de alineamientos de secuencia óptimamente localizados y sin huecos. mientras FASTA participa en la búsqueda de similitudes entre secuencias menos similares.    

Áreas clave cubiertas  

1. Que es BLAST
     - Definición, Programas, Usos
2. ¿Qué es FASTA?
     - Definición, Programas, Usos
3. ¿Cuáles son las similitudes entre BLAST y FASTA?
     - Características comunes
4. ¿Cuál es la diferencia entre BLAST y FASTA?
     - Comparación de diferencias clave

Términos clave: BLAST, FASTA, ADN, Nucleótido, Proteína, Aminoácido, Homología, Similitud, Valor de expectativa

Que es BLAST

BLAST significa Herramienta básica de búsqueda de alineación local. Esto busca la similitud entre una secuencia de consulta y las secuencias depositadas en el sitio web del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Los genes putativos en la secuencia de consulta pueden detectarse basándose en la homología de secuencia de las secuencias depositadas. BLAST es popular como herramienta de bioinformática debido a su capacidad para identificar regiones de similitud local entre dos secuencias rápidamente. BLAST calcula un valor de expectativa, que estima el número de coincidencias entre dos secuencias. Utiliza la alineación local de secuencias. La interfaz web de NCBI BLAST se puede encontrar aquí..

Figura 1: Interfaz Web NCBI BLAST

Diferentes búsquedas de BLAST

Programa BLAST	Consulta y Base de Datos
BLASTN (nucleótido BLAST)	Consulta - Nucleótido, Base de datos - Nucleótido
BLASTP (proteína BLAST)	Consulta - Proteínas, Base de Datos - Proteínas
BLASTX	Consulta - nucleótido traducido, base de datos - Proteína
TBLASTN	Consulta - Proteína, Base de datos - Nucleótido traducido
TBLASTX	Consulta - Nucleótido traducido, Base de datos - Nucleótido traducido

¿Qué es FASTA?

FASTA es otra herramienta de alineación de secuencias que se utiliza para buscar similitudes entre secuencias de ADN y proteínas. La secuencia de consulta se divide en patrones de secuencia o palabras conocidas como k-tuplas y las secuencias de destino se buscan en estas k-tuplas para encontrar las similitudes entre las dos. FASTA es una buena herramienta para búsquedas de similitud. Cuando encuentre similitudes de secuencia, la mejor manera de realizar su búsqueda es realizar primero una búsqueda BLAST y luego ir a FASTA. El formato de archivo FASTA se usa ampliamente como método de entrada en otras herramientas de alineación de secuencias como BLAST. La interfaz web de FASTA, que está disponible en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), se puede encontrar aquí. 

Figura 2: Interfaz Web FASTA

Programas FASTA

Programa FASTA	Descripción
FASTA	Proteína - comparación de secuencias de proteínas o nucleótido - comparación de secuencias de nucleótidos
FASTX, FASTY	Nucleótido - comparación de secuencias de proteínas.
Búsqueda	Alineación local entre proteína - proteína o nucleótido - secuencia de nucleótidos
GGSEARCH	Alineación global entre proteína - proteína o nucleótido - secuencia de nucleótidos
GLSEARCH	Alineación global de la consulta y alineación local de las secuencias en la base de datos.

Similitudes entre BLAST y FASTA

• BLAST y FASTA son dos programas de comparación de secuencias que brindan facilidades para comparar secuencias de ADN y proteínas con las bases de datos de ADN y proteínas existentes..

• Tanto BLAST como FASTA son herramientas bioinformáticas rápidas y altamente precisas.

• Ambos usan alineamientos de pares.

Diferencia entre BLAST y FASTA

Definición

EXPLOSIÓN: BLAST es un algoritmo para comparar información de secuencias biológicas primarias como secuencias de nucleótidos o aminoácidos..

FASTA: FASTA es un paquete de software de alineación de secuencias de ADN y proteínas..

Representa

EXPLOSIÓN: BLAST significa herramienta de búsqueda básica de alineación local.

FASTA: FASTA está corto de "todos rápidos" o "FastA".

Alineación global / local

EXPLOSIÓN: BLAST usa alineación de secuencia local.

FASTA: FASTA usa primero la alineación de secuencia local y luego extiende la búsqueda de similitud a la alineación global.

Alineación de secuencias locales

EXPLOSIÓN: BLAST busca similitudes en la alineación local comparando residuos individuales en las dos secuencias.

FASTA: FASTA busca similitudes en las alineaciones locales comparando patrones de secuencia o palabras.

Tipo de busqueda

EXPLOSIÓN: BLAST es mejor para la búsqueda de similitud en secuencias cercanas o localmente óptimas.

FASTA: FASTA es mejor para la similitud buscando en secuencias menos similares. 

Tipo de trabajo

EXPLOSIÓN: BLAST funciona mejor para búsquedas de proteínas.

FASTA: FASTA funciona mejor para búsquedas de nucleótidos.

Brechas en la secuencia de consulta

EXPLOSIÓN: En BLAST, no se permiten espacios entre las secuencias de consulta y destino.

FASTA: En FASTA, se permiten huecos..

Sensibilidad

EXPLOSIÓN: BLAST es una herramienta bioinformática sensible..

FASTA: FASTA es más sensible que BLAST.

Velocidad

EXPLOSIÓN: BLAST es más rápido que FASTA.

FASTA: FASTA es un peaje menos rápido en comparación con BLAST.

Desarrolladores

EXPLOSIÓN: BLAST fue diseñado por Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers y David J. Lipman en el Instituto Nacional de Salud en 1990.

FASTA: FASTA fue desarrollado por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985.

Significado

EXPLOSIÓN: En la actualidad, BLAST es la herramienta de bioinformática más utilizada para búsquedas de similitud..

FASTA: El legado de FASTA es el formato FASTA, que ahora es omnipresente en bioinformática..

Conclusión

BLAST y FASTA son dos herramientas de alineación de secuencias por pares utilizadas en bioinformática para buscar similitudes entre secuencias de ADN o proteínas. BLAST es la herramienta más utilizada para la alineación local de secuencias de nucleótidos y aminoácidos. FASTA es una herramienta de búsqueda de similitud fina que utiliza patrones de secuencia o palabras. Es más adecuado para las búsquedas de similitud entre secuencias menos similares. La principal diferencia entre BLAST y FASTA está en las estrategias de búsqueda de similitud utilizadas en cada herramienta.

Referencia:

1. Madden, Thomas. “La herramienta de análisis de secuencia de BLAST”. El Manual del NCBI [Internet]. 2ª edición.U.S. Biblioteca Nacional de Medicina, 15 de marzo de 2013. Web.Disponible aquí. 09 de junio de 2017. 
2. "Alineación de secuencias por pares usando FASTA". Universidad Amrita Vishwa Vidyapeetham. N.p., n.d. Web. Disponible aquí. 09 de junio de 2017. 

Imagen de cortesía:

Sitio oficial de 1.BLAST
2. Sitio oficial de FASTA