Diferencia entre RAPD y RFLP

Diferencia clave - RAPD vs RFLP
 

Los marcadores genéticos se utilizan en biología molecular para identificar variaciones genéticas entre individuos y especies. ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) y Restricción Fragmento Longitud Polimorfismo (RFLP) son dos marcadores moleculares importantes que se utilizan habitualmente en los laboratorios. RAPD se realiza con cebadores oligonucleotídicos cortos y arbitrarios, y se basa en la amplificación aleatoria de las múltiples ubicaciones a lo largo de la plantilla de ADN del organismo. La RFLP se realiza con una endonucleasa de restricción específica, y se basa en el polimorfismo de los fragmentos de restricción resultantes y la hibridación. La diferencia clave entre RAPL y RFLP es que RAPD es un tipo de técnica de PCR realizada sin el conocimiento previo de la secuencia mientras El RFLP no participa en la PCR y requiere un conocimiento previo de la secuencia para llevar a cabo la técnica.

CONTENIDO
1. Resumen y diferencia clave
2. Qué es RAPD
3. Qué es RFLP
4. Comparación lado a lado - RAPD vs RFLP
5. Resumen

Qué es RAPD?

RAPD es un marcador molecular útil en biología molecular. Es una técnica rápida y fácil. RAPD se puede definir como un método que da como resultado secuencias de ADN polimórficas como resultado de la amplificación aleatoria de múltiples ubicaciones de la plantilla de ADN objetivo. RAPD utiliza cebadores oligonucleotídicos cortos con secuencias arbitrarias para la amplificación por PCR. Los cebadores se sintetizan artificialmente sin el conocimiento previo de la secuencia. Por lo tanto, se considera como una técnica fácil y útil..

Los siguientes pasos principales están involucrados en RAPD.

1. Extracción de ADN diana
2. Amplificación de las múltiples ubicaciones del ADN objetivo utilizando cebadores elegidos al azar
3. Electroforesis en gel de los productos de PCR amplificados.
4. Tinción con bromuro de etidio e identificación del polimorfismo.

Como resultado de la variación en el recocido del cebador, se generan diferentes fragmentos con diferentes longitudes durante la amplificación. Por lo tanto, los patrones de bandas en los geles son diferentes entre individuos y especies. Por lo tanto, RAPD permite la detección de la variación genética entre organismos en la identificación y diferenciación..

RAPD se aplica en varios estudios de biología molecular, como la identificación de la diferencia genética entre especies estrechamente relacionadas, el mapeo de genes, la identificación del ADN, la identificación de enfermedades hereditarias, etc..

Figura 01: RAPD

Qué es RFLP?

Los polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) es un marcador molecular utilizado en biología molecular para la identificación de variaciones genéticas en secuencias de ADN homólogas. Es el primer marcador genético desarrollado para las huellas dactilares de ADN. Todos los organismos producen perfiles únicos de ADN cuando están restringidos con enzimas de restricción específicas. RFLP sirve como una herramienta importante en la producción de perfiles de ADN únicos de individuos y la detección de variaciones genéticas entre ellos. Cuando las muestras de ADN se digieren con endonucleasas de restricción específicas, se obtienen diferentes perfiles de ADN que son únicos para cada individuo. Por lo tanto, el principal de este método es la detección de la variación genética entre los organismos mediante la restricción del ADN homólogo con enzimas de restricción específicas y el análisis del polimorfismo de la longitud del fragmento a través de electroforesis en gel y transferencia. Los patrones de transferencia son exclusivos de cada organismo y caracterizan los genotipos específicos..

Los siguientes pasos están involucrados con RFLP.

1. Aislamiento de suficiente cantidad de ADN a partir de muestras.
2. Fragmentación de las muestras de ADN con endonucleasas de restricción específicas en una secuencia corta
3. Separación de los fragmentos resultantes con diferentes longitudes mediante electroforesis en gel de agarosa..
4. Transferencia del perfil de gel a una membrana por transferencia Southern
5. Hibridación de la membrana con sondas marcadas y análisis del polimorfismo de la longitud del fragmento en cada perfil.

RFLP tiene varias aplicaciones como el diagnóstico de enfermedades de herencia, mapeo genómico, identificación criminal en estudios forenses, pruebas de paternidad, etc..

Figura 02: genotipado RFLP

¿Cuál es la diferencia entre RAPD y RFLP??

RAPD vs RFLP
RAPD es un marcador molecular basado en cebadores aleatorios y PCR..	RFLP es un marcador molecular basado en la producción de diferentes fragmentos de restricción de longitud..
Muestra Requerida
Pequeñas muestras de ADN son suficientes para el análisis RAPD..	Se requiere una gran cantidad de muestra de ADN extraída para el análisis de RFLP.
Hora
RAPD es un proceso rápido.	RFLP es un proceso que consume tiempo.
Primer uso
Se utilizan cebadores aleatorios y se pueden usar los mismos cebadores para diferentes especies.	Se utilizan sondas específicas de especie en RFLP para hibridación.
Confiabilidad
La fiabilidad de la técnica es menor en comparación con el RFLP..	RFLP es una técnica confiable.
Secante
RAPD implica la transferencia del sur.	La transferencia de Southern es un paso de RFLP.
Detección de variación alélica
Las variaciones alélicas no pueden ser detectadas por RAPD.	Las variaciones alélicas pueden ser detectadas por RFLP.
Necesidad de conocimiento de secuencia
RAPD no requiere conocimientos previos de secuencia.	Se requiere conocimiento de secuencia previa para el diseño de la sonda.
PCR
PCR está involucrado con RAPD	PCR no está involucrado con RFLP.
Reproducibilidad
RAPD tiene una baja reproducibilidad.	RFLP tiene una alta reproducibilidad en comparación con RAPD..

Resumen - RAPD vs RFLP

RAPD y RFLP son marcadores importantes utilizados en biología molecular. Ambos métodos son capaces de detectar la variación genética entre los organismos. RAPD se realiza utilizando cebadores aleatorios. RFLP se realiza utilizando enzimas de restricción específica. Ambos métodos producen perfiles de ADN únicos para organismos individuales. RAPD involucra comparativamente pocos pasos que el RFLP. Pero produce resultados menos confiables y reproducibles que el RFLP. Esta es la principal diferencia entre RAPD y RFLP..

Referencias:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang y M. K. Slocum. “Comparación de marcadores genéticos de RAPD y RFLP para determinar la similitud genética entre los genotipos de Brassica oleracea L.”. TAG. Genética teórica y aplicada. Theoretische und angewandte Genetik. Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU., Marzo de 1994. Web. 12 de abril de 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey y Antoni Rafalski. “La comparación de RFLP, RAPD, AFLP

Imagen de cortesía:
1. “Genotipado RFLP” por (desconocido) - National Institutes of Health (dominio público) a través de Commons Wikimedia