Diferencia entre SYBR Green y Taqman

Diferencia clave - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green y Taqman son dos métodos empleados para detectar o observar el proceso de amplificación de la PCR en tiempo real. SYBR Green es un método basado en colorante de tinción de ácido nucleico intercalado, mientras que Taqman es un método basado en sonda de hidrólisis. Ambas tecnologías están diseñadas para generar fluorescencia durante la PCR, lo que permite que la máquina de PCR en tiempo real controle la reacción en "tiempo real". El método SYBR Green se lleva a cabo utilizando un tinte fluorescente llamado SYBR green y detecta la amplificación al unir el tinte para producir el ADN de doble cadena. Taqman se lleva a cabo utilizando sondas marcadas dobles y detecta la amplificación por degradación de la sonda por la polimerasa Taq y las liberaciones del fluoróforo.. Esta es la diferencia clave entre SYBR Green y Taqman.

CONTENIDO
1. Resumen y diferencia clave
2. Que es SYBR Green
3. Que es taqman
4. Comparación lado a lado - SYBR Green vs Taqman
5. Resumen

Que es SYBR Green?

SYBR Green es un tinte fluorescente utilizado para teñir ácidos nucleicos, especialmente ADN de doble cadena en Biología Molecular. El método SYBR Green se utiliza para cuantificar productos de PCR durante la PCR en tiempo real. Una vez que se une con el ADN, el complejo resultante de colorante de ADN absorbe la luz azul y emite una luz verde intensa. Ocurre debido al cambio estructural que ocurre en la molécula de tinte al unirse con el ADN de doble cadena. Cuando la PCR crea más y más ADN, más moléculas de colorante se unen al ADN, generando más fluorescencia. Por lo tanto, la fluorescencia aumenta con la acumulación del producto de PCR. Por lo tanto, la cantidad de producto de PCR se puede medir cuantitativamente mediante la detección de fluorescencia verde SYBR.

El tinte verde SYBR también se puede utilizar para el marcado de ADN en citometría y microscopía de fluorescencia. El bromuro de etidio ha sido reemplazado exitosamente por SYBR Green ya que el bromuro de etidio es un colorante carcinogénico con problemas de eliminación durante la visualización del ADN en la electroforesis en gel..

Hay ventajas y desventajas del método verde SYBR. Este método es muy sensible, económico y fácil de usar. Sin embargo, debido a su capacidad para unirse a cualquier ADN de doble cadena, la unión no específica puede conducir a una cuantificación excesiva del producto de PCR..

Figura 01: Técnica Verde SYBR

Que es taqman?

Taqman es un método alternativo a SYBR Green para monitorear el proceso de PCR en tiempo real. Este método depende de la actividad de exonucleasa 5 '- 3' de la enzima Taq polimerasa para degradar las sondas durante la extensión de la nueva cadena y la liberación de fluoróforo. En este método se utilizan sondas con doble etiquetado y se basan en la hidrólisis de las sondas. Las sondas son oligonucleótidos de ADN marcados por fluorescencia que tienen una molécula informadora fluorescente (fluoróforo) en el extremo 5 'y una molécula de extinción en el extremo 3'. Están diseñados para unirse a la plantilla de una sola hebra en el lado opuesto de los recocidos del cebador. La polimerasa Taq agrega nucleótidos al cebador y extiende la nueva cadena hacia las sondas de doble etiquetado. Una vez que la Taq polimerasa encuentra la sonda, la acción exonucleasa de la Taq polimerasa activa y degrada la sonda. Una vez que completa la síntesis de la nueva cadena, la sonda se somete a una degradación completa y libera el fluoróforo. La liberación de fluoróforo genera fluorescencia. La molécula de extinción fluorescente apaga la luz emitida de manera eficiente y crea la salida para la cuantificación del producto de PCR. La liberación de fluoróforos y la cantidad de productos de PCR son proporcionales. Por lo tanto, la cuantificación se puede hacer fácilmente por el método Taqman.

Figura 02: Método Taqman

El método Taqman se usa en la PCR en tiempo real, la cuantificación de la expresión génica, la detección de polimorfismos genéticos, la cuantificación de las deleciones de ADN cromosómico, la identificación bacteriana, la verificación del análisis de micromatrices, el genotipado SNP, etc..

¿Cuál es la diferencia entre SYBR verde y Taqman??

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green se basa en un tinte de unión al ADN.	Taqman depende de las sondas de hibridación y de la actividad de exonucleasa 5 'a 3' de la polimerasa Taq.
Sondas etiquetadas de forma fluorescente
No se requieren sondas marcadas con fluorescencia.	Se requieren sondas de doble etiqueta.
Análisis genético multiplexado
No se puede utilizar para objetivos genéticos multiplex..	Puede ser utilizado para objetivos genéticos multiplex.
Costo
Esto es menos caro.	Esto es mas caro.
Especificidad
Esto es menos específico y se une a cualquier ADN de doble cadena.	Estos son altamente específicos ya que las sondas detectan los productos de amplificación específicos..
Eficacia
Esto es menos efectivo..	Esto es altamente efectivo..
Solicitud
Esto se utiliza en PCR en tiempo real, visualización en gel de agarosa, marcaje de ADN, etc..	Esto se usa en la PCR en tiempo real, la cuantificación de la expresión génica, la detección de polimorfismos genéticos, etc..

Resumen - SYBR Green y Taqman

Taqman y SYBR green son dos métodos empleados en la PCR en tiempo real (PCR cuantitativa). Ambos métodos permiten la cuantificación del producto de PCR de manera eficiente y se basan en la emisión de la fluorescencia. El método Taqman usa sondas marcadas dual para la detección del ADN acumulado, mientras que el método SYBR Green usa un tinte fluorescente. Ambos métodos también tienen diferentes aplicaciones en biología molecular..

Referencia:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour y Shaghayegh Haghjooy Javanmard. “Comparación de los métodos SYBR Green y TaqMan en el análisis cuantitativo de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real de cuatro subtipos de receptores de adenosina”. Advanced Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 de marzo de 2017.
2. “Principios básicos de la PCR en tiempo real”. PCR en tiempo real, cuantitativa (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 de marzo de 2017.
3. "SYBR Green y otros colorantes de PCR en tiempo real". Biocompare. N.p., 05 abr. 2010. Web. 14 de marzo de 2017

Imagen de cortesía:
1. "PCR con SYBR verde" Por -Ygonaar 23:09, 7 de marzo de 2006 (UTC) - Es un gráfico creado por Ygonaar con Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. “Taqman” por usuario: Braindamaged - Trabajo propio (dominio público) a través de Commons Wikimedia