El tamaño de las células procarióticas es típicamente de 0.2-2.0 micrómetros de diámetro, mientras que las células eucariotas tienen un diámetro de 10-100 micrómetros.
Se dice que los eucariotas tienen un "núcleo verdadero" porque contiene núcleos unidos a la membrana y se compone de otros orgánulos como los lisosomas, el complejo de Golgi, el retículo endoplásmico, las mitocondrias y los cloroplastos, mientras que los procariotas no tienen membrana nuclear u otros organelos cerrados por membrana..
En procariotas, el flagelo se compone de dos bloques de construcción de proteínas; y la pared celular es químicamente compleja y está hecha de peptidoglicano (un solo polímero grande de aminoácidos y azúcar), mientras que el flagelo de los eucariotas es más complejo con múltiples microtúbulos y cuando las paredes celulares están presentes, son químicamente simples.
En procariotas, la división celular se produce a través de la fisión binaria y no se produce meiosis, pero solo la transferencia de fragmentos de ADN se produce a través de la conjugación. La división celular en los eucariotas se produce a través de la mitosis y la reproducción sexual se produce a través de la meiosis.
En los eucariotas, la membrana plasmática se compone de esteroles y carbohidratos. El citoplasma consiste en citoesqueletos y está presente la transmisión citoplásmica. Los ribosomas son más grandes (80S) y más pequeños (70S) en tamaño, y los cromosomas son múltiples y están dispuestos linealmente con histonas. El ADN de los eucariotas es mucho más complejo que el ADN de los procariotas..
En procariotas, la membrana plasmática no contiene hidratos de carbono o esteroles. El citoplasma no tiene cito-cetoneton o flujo citoplásmico. Los ribosomas son más pequeños (70S) en tamaño y se presentan con un solo cromosoma circular que no consiste en histonas.